A avaliação intercalar do Programa Operacional do Ambiente no período de 2000 a 2003 inseriu-se no Quadro Comunitário de Apoio para 2000-2006 e pretendeu aferir o contributo do Programa para a política de ambiente nacional, nomeadamente nos domínios da gestão sustentável e do ordenamento do território, da melhoria do ambiente urbano, da sustentabilidade e das atividades económicas.
O estudo de âmbito nacional e a respetiva atualização foram executados nos biénios 2002/2003 e 2004/2005, envolvendo pesquisa documental, análise exaustiva dos dossiers dos projetos aprovados, exploração dos sistemas de informação do Programa Operacional do Ambiente, um inquérito a todos promotores, estudos de caso abrangendo as diferentes tipologias de projeto e entrevistas com os representantes dos principais promotores de cada medida.