A Nemus liderou os consórcios responsáveis pela elaboração dos planos de gestão das bacias hidrográficas do sul de Portugal e do arquipélago da Madeira.

Estes instrumentos de planeamento das águas visam a gestão, proteção e valorização ambiental, social e económica das bacias hidrográficas dos rios Sado, Mira, Guadiana e das ribeiras do Algarve e da Madeira. A sua elaboração decorre da diretiva-quadro da água, que preconiza o bom estado das massas de água através de uma abordagem integrada de proteção e gestão que promova o envolvimento da população nas várias etapas do ciclo de planeamento das águas.

Os trabalhos realizados pela Nemus envolveram a caraterização e diagnóstico das massas de água superficiais e subterrâneas, a avaliação económica das utilizações da água, a formulação de cenários prospetivos, o estabelecimento de objetivos ambientais por massa de água, a proposta de programas de medidas, com a respetiva análise custo-eficácia e o desenvolvimento de sistemas de promoção, acompanhamento e avaliação da execução dos planos, suportados por sistemas de indicadores, aplicações websig e bases de dados geográficos.